Colecția principală
Această colecție, mutată în 2007 în noua clădire a Seminarului, a fost aranjată alfabetic și tematic, conform normelor biblioteconomice.
Colecția Justinian Patriarhul
Patriarhul Justinian Marina este considerat unul dintre ctitorii reprezentativi ai Bibliotecii Seminarului, întrucât a susținut permanent necesitatea existenței acesteia, atât în primi ani ai păstoririi Sale, când biblioteca trecea prin mari greutăți, cât și după anul 1971, când aceasta se restabilește în proximitatea Internatului de la Radu Vodă.
Colecția Teoctist Patriarhul
Prin purtarea de grijă a Preafericitului Părinte Daniel, Patriarhul României, din anul 2007, cea mai mare parte din biblioteca personală a celui de-al cincilea Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române, Teoctist Arăpașu, a fost donată Bibliotecii Seminarului Teologic din București.
Colecția Episcop Timotei Prahoveanul
Colecția Onisifor Ghibu
Colecția Onisifor Ghibu se află în grija Bibliotecii Seminarului Teologic din București din anul 1978. După moartea profesorului Onisifor Ghibu, în anul 1972, întreaga sa bibliotecă a fost luată în custodia Arhivelor Naționale. În anul 1977 a avut loc memorabilul cutremur din București, timp în care și clădirea în care se afla biblioteca pedagogului Onisifor Ghibu a suferit pagube serioase. În acest an, Octavian Ghibu, fiul profesorului Onisifor Ghibu, a luat o mare parte din biblioteca tatălui său și a adus-o la Biblioteca Seminarului, care pe atunci se afla în casa arhierească de la Radu Vodă.
Colecția Adrian Popescu
Cărțile profesorului Adrian Popescu au ajuns în colecția Bibliotecii Seminarului în anul 2016, după trecerea acestuia la cele veșnice. Au fost oferite Bibliotecii de către soția acestuia și primite de Protos. Arsenie Nae. Despre ele, soția sa ne-a spus: să aveți grijă de ele, fiindcă le-a prețuit foarte mult.
Colecția Periodice
Colecția Periodice reprezintă un fond însemnat în cadrul Bibliotecii Seminarului, având o sală special amenajată și un număr de aproximativ 15.000 de volume. Colecțiile de periodice alcătuiesc un fond de secol XIX – XX. Astăzi, biblioteca are abonament la periodicele locale, la principalele reviste de cultură românești și internaționale, precum și la revistele de specialitate.
